ДИСЦИПЛИНА
За время проведения соревнований судьями было вынесено 780 предупреждений (год назад 942), 57 раз игроки удалялись с поля (в прошлом году 55 раз).
Самой дисциплинированной командой по итогам 2006 года стал чемпион «Батайск», который уверенно опередил своих конкурентов и в этой номинации.
Самой грубой командой стал «Беслан-БМК». Это, наверное, тоже справедливо, так как этой команде принадлежит эпизод с избиением судьи Сергея Вехова после матча «Беслан-БМК» — «Буревестник-ЮРГУЭС» — 2:3.
ДИСЦИПЛИНАРНЫЙ РЕЙТИНГ КОМАНД
(желтая карточка – 1 штр. очко; красная карточка – 5 штр. очков).
В рейтинге участвуют 13 команд, которые завершили чемпионат
| Команда | Ж | К | Б | |
| 1 | Батайск Ростовская область |
22 | 0 | 22 |
| 2 | Спартак-Наур Наурская ЧР |
37 | 1 | 42 |
| 3 | Локомотив-КМВ МинВоды |
38 | 3 | 53 |
| 4 | Динамо-2-СК СДЮШОР Ставрополь |
39 | 4 | 59 |
| 5 | Кавказкабель-2 Прохладный КБР |
55 | 2 | 65 |
| 6 | Улан-Залата Лагань Калмыкия |
57 | 2 | 67 |
| 7 | Спартак-2 Владикавказ РСО-Алания |
52 | 3 | 67 |
| 8 | Буревестник-ЮРГУЭС Шахты |
55 | 3 | 70 |
| 9 | Волгарь-Газпром-2 Астрахань |
45 | 5 | 70 |
| 10 | Владикавказ РСО-Алания |
52 | 4 | 72 |
| 11 | Анжи-2 Махачкала Дагестан |
54 | 4 | 74 |
| 12 | Терек-2 Грозный | 50 | 6 | 80 |
| 13 | Беслан-БМК РСО-Алания |
47 | 7 | 82 |
| — | Алания Октябрьское РСО-Алания |
30 | 2 | 40 |
| — | Азов-Дон Азов Ростовская область |
34 | 2 | 44 |
| — | Аруан Нарткала КБР | 34 | 3 | 49 |
| — | Магас ИГУ Назрань Ингушетия |
32 | 4 | 52 |
| — | Элиста-2 Калмыкия | |||
| Итого | 780 | 57 |
В турнире подан один протест (в прошлом году пять). Представители команды «Спартак-Наур» по окончании матча против «Беслан-БМК» опротестовали выход в составе соперников игрока, не внесенного
в протокол матча. Решением КДК результат игры — 2:1 в пользу «Беслан-БМК» аннулирован, «Спартак-Науру» присуждена техническая победа со счетом 3:0, а «Беслану-БМК» засчитано техническое поражение со счетом 0:3.